DeIC Nationale HPC Center, SDU

Abacus 2.0 supercomputeren, som er på DeIC nationale HPC center, SDU, er en state-of-the-art supercomputer optimeret til løsning af et bredt udvalg af beregningsmæssige problemer inden for alle videnskaber.

Alle danske forskere har mulighed for at anvende supercomputeren både inden for traditionelle HPC discipliner, men også inden for de mange nye, kommende HPC områder. Med Abacus 2.0 kan man lave op til 766 billioner regneoperationer i sekundet, hvilket åbner for nye og unikke forskningsmuligheder for alle brugere.

De nuværende brugere kører alt fra avancerede kemimodelleringer og -simuleringer, materialevidenskab, biofysik, høj-energi fysik, ingeniørvidenskab, datamedicin såvel som videnskabelig datavisualisering.

Supercomputeren er baseret på en Lenovo NeXtScale løsning med 584 beregningsnoder (computere) forbundet med et højhastighedsnetværk. Der er totalt 14.016 Intel E5-2680v3 CPU kerner, 64,5 TB hukommelse, 180 TB lokal meget hurtig SSD diskplads samt et delt, højhastigheds disksystem med i alt 1.000 TB diskplads.

Beregningsnoder

Hver af de 584 beregningsnoder har to Intel E5-2680v3 CPUer (hver med 12 kerner), 64 GB hukommelse, 200/400 GB lokal meget hurtig SSD diskplads og et højhastigheds InfiniBand FDR netværkskort (56 Gbit/s).

Derudover er nogle af noderne dedikeret til at accelerere programmer, som kræver meget hukommelse eller ekstra beregningskraft:

  • 64 fede nodes har i alt 512 GB hukommelse til meget hukommelsestunge programmer
  • 72 GPU noder har hver to nVidia K40 acceleratorer med 2880 CUDA kerner, som giver noden yderligere 2,86 billioner regneoperationer i sekundet

Netværk

Alle beregningsnoderne i Abacus 2.0 er forbundet med et højhastigheds 56 GB/s InfiniBand FDR netværk fra Mellanox. Noderne er forbundet i en 3D torus topologi.

Lager

Hver beregningsnode har mindst 200 GB lokal meget hurtig SSD diskplads.
Derudover er der et delt, højhastigheds disksystem baseret på GPFS, en Lenovo GSS26 løsning. Der er en total diskkapacitet på 1.000 TB med en total aggregeret I/O båndbredde på mere end 10 GB/s.

Køsystem, software, m.v.

Jobs på Abacus 2.0 bliver styret ved hjælp af et køsystem baseret på det meget anvendte system, Slurm Workload Manager. Slurm giver en let-anvendelig adgang til systemet med optimal udnyttelse af de tilgængelige ressourcer.

Al software er tilgængelig til brugerne vha. et modulært system, der tillader brugere at hente softwarepakker efter behov og selv sammensætte det softwaremiljø der passer til de givne opgaver.

Hvordan får jeg adgang?

Du kan kan også kontakte:

Ønsker du at få kontakt til eller høre om erfaringer fra en aktiv superbruger af systemet kan du kontakte:

Bliv pilotprojekt - hvis du er ny bruger!

DeIC Kompetencecenter tilbyder at hjælpe nye HPC-brugere godt i gang. Forskere kan derfor indstille et relevant projekt til at blive et nationalt eScience pilotprojekt ved DeICs nationale HPC-center på SDU. Som nationalt pilotprojekt får du op til 8 timers gratis teknisk support med tilhørende 1.000 timers gratis regnetid stillet til projektets rådighed.

Som et nationalt pilotprojekt i DeIC Kompetencecenter bliver du automatisk udpeget som HPC frontrunner inden for dit forskningsfelt. Det betyder, at du forpligter dig til at dele dine HPC-erfaringer og værktøjer i relevante fora. DeIC vil endvidere også opfordre til aktiv deltagelse på DeIC Kompetencecenters vidensportal.

DeIC eScience Kompetencecenter sigter efter at nå ud til nye grene i det kontinuerligt voksende HPC-miljø og har et særligt fokus på hhv. humaniora og samfundsvidenskabelige projekter. Øvrige fagområder kan dog også komme i betragtning.

Alle henvendelser vil modtage en evaluering i forhold til deres kvalificering til HPC-adgang som et frontrunner eScience-pilotprojekt i DeIC Kompetencecenter.

Indstilling kan ske løbende via følgende hjemmeside.

 

Denne film er fra før den nye Abacus 2.0, som blev indviet maj 2016.

 
Kontakt

Hvis du har spørgsmål, anmodninger eller kommentarer kan følgende person kontaktes: