DeIC Nationale LifeScience Supercomputer, DTU

DeIC Nationale LifeScience Supercomputer på DTU, Risø, alias Computerome, er optimeret til LifeScience beregninger, hvor der oftest er store mængder data, behov for meget RAM eller behov for et stort antal CPU’er. Computerome har 16,048 CPU’er fordelt på 569 noder med i alt 92 TB RAM og 3 PB diskplads.

27 af noderne er såkaldte ’tykke noder’ med hver 1TB RAM og 32 cpu’er. Disse kan bruges når der er er behov for ekstra meget RAM, hvilket fx kunne være de-novo assembly af humane genomer. Resten af noderne er ’tynde’ noder med hver 128 GB RAM og 28 cpu’er.

Ved brug af tidligere HPC erfaringer fra Center for Biological Sequence Analysis (CBS), DTU er Computerome blevet bygget med hovedvægten på LifeScience data og beregninger. Dvs. der skal være lynhurtig adgang fra RAM til diskene, diskene skal have en hurtig læse/skrive hastighed, den enkelte node skal have en høj performance og det skal være muligt at skalere mellem node og multi-node. Alle noder er derfor forbundet gennem InfiniBand switch der giver en lynhurtig båndbredde og alle diske kommer fra EMC ISILON, igen forbundet med InfiniBand der giver en I/O båndbredde på over 50 GB/s.

For at gøre det nemmere for den enkelte bruger at planlægge arbejdet på Computerome bruges der et kø-system. Køsystemet sørger for at planlægge, hvornår de enkelte jobs skal køre, så systemet kører så stabilt og sikkert som muligt.

Ydermere arbejdes der i et modulært miljø, hvor de installerede programmet loades som moduler. Den enkelte bruger behøver derfor ikke at bruge tid på at installere programmer da dette vil blive gjort at en systemadministrator, der samtidig også sørger for at programmet bliver installeret korrekt. Brugeren kan derefter loade programmet med blot at skrive ”Module load programnavn”, og så er alle stier osv. sat korrekt og beregning kan startes umiddelbart efter. Se her for nærmere informationer.

Hvordan får jeg adgang?

Ønsker du at få adgang til Computerome kan du kontakte:

  • Ali Syed, Center for Biological Sequence Analysis (CBS), DTU Systembiologi, tlf: (+45) 60 90 46 46

Ønsker du at få kontakt til eller høre om erfaringer fra en aktiv superbruger af systemet kan du kontakte:

  • Lektor Bent Petersen, Center for Biological Sequence Analysis, DTU Systembiologi, tlf: (+45) 2084 7492
 
Kontakt

Hvis du har spørgsmål, anmodninger eller kommentarer kan følgende personer kontaktes: